Patogen terus mengalami evolusi, memicu munculnya varian yang lebih mudah menular serta mempercepat perkembangan resistensi antimikroba yang menjadi ancaman serius dan berkelanjutan bagi kesehatan global. CAGED-MADZIP merupakan inisiatif kolaboratif lintas negara di kawasan Asia-Pasifik dan Afrika yang bertujuan memperkuat surveilans genomik serta menerjemahkan temuan genomik menjadi intervensi kesehatan masyarakat yang dapat ditindaklanjuti. Di Indonesia, proyek ini diimplementasikan di dua lokasi, yaitu Lombok dan Purbalingga.

Program ini berfokus pada patogen-patogen utama penyebab penyakit infeksi yang berdampak besar terhadap kesehatan masyarakat, termasuk virus Dengue, Mycobacterium tuberculosis, dan Klebsiella pneumoniae. Dengan mengintegrasikan data genomik dan epidemiologis, CAGED-MADZIP memperkuat deteksi wabah, memantau evolusi patogen, serta mendukung respons kesehatan masyarakat yang cepat, tepat, dan berbasis bukti.

Virus Dengue (DENV)

Dengue merupakan salah satu penyakit tular vektor yang menjadi endemis di lebih dari 100 negara, termasuk Indonesia. Pada tahun 2024, jumlah kasus dengue global meningkat secara signifikan dan diperkirakan mencapai 14 juta kasus. Di Indonesia sendiri, hingga November 2024 tercatat lebih dari 210.000 kasus dengan sekitar 1.200 kematian. Peningkatan ini dipengaruhi oleh berbagai faktor, termasuk kondisi lingkungan, perilaku manusia, dinamika populasi vektor, serta evolusi virus.

Surveilans genomik terhadap virus Dengue bertujuan untuk mengidentifikasi serotipe dan genotipe yang beredar, memahami dinamika transmisi, mendeteksi varian baru yang muncul, serta mengidentifikasi perubahan genom yang berpotensi memengaruhi tingkat keparahan penyakit, kemampuan penularan, dan efektivitas vaksin.

Mycobacterium tuberculosis (MTB)

Tuberkulosis (TB) masih menjadi salah satu penyakit infeksi utama di dunia dengan sekitar 10 juta kasus baru setiap tahun dan menyebabkan sekitar 1 juta kematian. Sebagai penyakit yang disebabkan oleh bakteri Mycobacterium tuberculosis dan ditularkan melalui udara, beban penyakit ini semakin diperberat oleh keterlambatan deteksi kasus serta meningkatnya jumlah strain yang resisten terhadap obat.

Surveilans genomik terhadap MTB memungkinkan pemetaan jaringan transmisi dengan resolusi tinggi, deteksi dini mutasi yang berhubungan dengan resistensi obat, serta karakterisasi keragaman strain yang beredar. Informasi ini sangat penting untuk mendukung strategi pengobatan yang lebih tepat sasaran dan memperkuat upaya pengendalian tuberkulosis.

Klebsiella pneumoniae (KPN)

Klebsiella pneumoniae merupakan patogen penting yang terus berkembang dan berhubungan dengan berbagai infeksi berat serta peningkatan resistensi antimikroba. Bakteri ini menjadi salah satu penyebab utama morbiditas dan mortalitas, khususnya pada kelompok rentan, serta berkontribusi terhadap sekitar 10% infeksi nosokomial (infeksi terkait pelayanan kesehatan), dengan prevalensi yang lebih tinggi di unit perawatan intensif.

Surveilans genomik terhadap KPN difokuskan pada identifikasi determinan resistensi antimikroba, karakterisasi jalur transmisi di fasilitas kesehatan, serta deteksi klaster wabah. Upaya ini sangat penting untuk mendukung strategi pencegahan dan pengendalian infeksi, khususnya dalam kasus sepsis neonatal, sepsis maternal, dan infeksi luka operasi pasca-sectio caesarea.

Pendekatan Whole Genome Sequencing (WGS)

Summit Institute for Development menerapkan pendekatan mutakhir melalui penggunaan Whole Genome Sequencing (WGS) untuk menghasilkan pemahaman yang komprehensif dan beresolusi tinggi mengenai dinamika patogen. Dengan melakukan sekuensing terhadap seluruh genom, pendekatan ini memungkinkan karakterisasi variasi genetik secara mendetail, identifikasi determinan resistensi antimikroba, serta rekonstruksi jalur transmisi patogen di berbagai populasi dan lingkungan.

Laboratorium menggunakan platform sekuensing dari Oxford Nanopore Technologies, yang menawarkan kemampuan sekuensing yang cepat, portabel, dan mudah diskalakan. Teknologi ini memungkinkan dihasilkannya data genomik secara hampir real-time, sehingga mendukung deteksi wabah secara lebih cepat dan memperkuat pengambilan keputusan kesehatan masyarakat yang berbasis bukti, terutama di lingkungan dengan sumber daya terbatas maupun pada situasi lapangan.

Melalui kombinasi surveilans genomik, analisis epidemiologis, dan teknologi sekuensing terkini, CAGED-MADZIP berkontribusi dalam membangun sistem kesehatan yang lebih siap menghadapi ancaman penyakit infeksi saat ini maupun di masa depan.